Fakultas Sains dan Teknologi Universitas PGRI Yogyakarta dahulunya bernama Fakultas Teknik. Fakultas Teknik berdiri melalui SK Dirjen Dikti Departemen Pendidikan dan Kebudayaan RI No. 180/DIKTI/kep/1997 pada tahun 1997. Fakultas Teknik menaungi 1 prodi, yaitu Prodi Teknik Informatika. Berdasarkan renstra, pada tahun 2019, Lahr 6 (enam) prodi baru dengan 2 (dua) Prodi berbasis kesehatan yaitu Prodi Farmasi dan Gizi. Empat prodi lainnya yaitu Teknik Industri, Arsitektur, Teknik Biomedis, Teknologi Rekayasa Elektro-Medis. Berdasarkan hal tersebut, Fakultas Teknik berganti menjadi Fakultas Sains dan Teknologi berdasarkan no SK. 157/SK/REKTOR-UPY/IX/2019.
